Sendo bem direto: Pense primeiro na grana que você tem pra gastar. Hoje, você pode comprar uma guitarra de R$ 200 reais ou uma de 40 mil; por isso, resta saber qual é o seu objetivo quanto a isso.
Outra, você vai iniciar? Já sabe alguma coisa sobre o assunto? Tem uma preferência de estilo? Você precisa fazer essas perguntas para tentar chegar a uma boa escolha, seja pela questão do material que terá em mãos, seja pela questão financeira.

Slash com Suas Guitarras Estilo Les Paul
Estilos de guitarra:
Tenha certeza de qual estilo lhe atrai mais, para que não se arrependa da compra e acabe deixando a guitarra que não te fez nada de lado. Normalmente, nas lojas principalmente quando você fala que será sua primeira guitarra, eles irão oferecer logo uma no estilo strato, como esta da foto abaixo:

Guitarra Estilo Stratocaster
Porém, você precisa ter certeza do seu estilo, ter noção sobre o assunto antes de ir à loja para depois não haver arrependimentos. Se for o caso, leve algum amigo que já tenha alguma experiência no assunto para não levar gato por lebre.
Mesmo as stratos sendo ótimas, principalmente para quem está iniciando, atualmente a maioria das lojas dispõem de guitarras no estilo Les Paul, SG e Explorer, além das stratocaster, claro.

Guitarra Estilo Explorer
Os captadores, extremamente importantes:
Não seja guiado muito pela beleza, afinal cada guitarra tem a sua, não tem jeito. Procure saber informações específicas daquela guitarra que você está querendo comprar. Uma boa dica é pesquisar o modelo na internet e analisar a questão de preço, informações técnicas e participar de fóruns na internet; hoje em dia existem vários sobre o assunto.
Os captadores são quase que a alma da guitarra, eles que irão transmitir o som da vibração das cordas para o amplificador, e isso poderá ou não deixar o seu som mais “limpo” ou segurar mais determinadas técnicas que você irá fazer com a guitarra. Cada captador tem suas especificações, e é interessante que você saiba que não irá conseguir uma guitarra com bons captadores por um valor muito baixo. Além de prestar atenção nisso, se você for fazer um som sem distorções pesadas, estilo metalcore, post-hardcore, pode optar por uma guitarra com captadores singles; porém se for colocar distorções pesadas na guitarra, sugiro que pesquise um pouco sobre guitarra com captadores humbucker ou até mesmo com os dois, o que normalmente acontece na ordem: humbucker na ponte e single no braço.
Madeira utilizada na construção da guitarra:
Um Luthier comentou uma vez que não se deve levar muito em consideração se o instrumento foi fabricado com “madeira de lei”, que são as melhores para construção de instrumentos musicais, se todo o resto é material de segunda. Entendam, ele não disse para descartar as especificações da guitarra, ele disse para não levar muito em consideração, porque se todo o resto do material for de segunda, não é apenas a madeira utilizada que vai garantir um bom som para você. Assim como, ele utilizou também o exemplo do “feeling”, que as vezes eu posso testar uma guitarra e achar o som extremamente bom para o que eu preciso agora e outro músico ou apenas alguém que toque como hobby pode testar e achar horrível. É uma questão de inúmeros testes para comprar uma boa guitarra. No caso do guitarrista do U2 mesmo, o The Edge, ele demora horas em uma loja testando guitarras até achar uma que atenda à todos os requisitos que ele precisa.
As tarrachas:
Procure saber a procedência da tarracha utilizada na fabricação da guitarra, para que seu instrumento não fique desafinando constantemente. É bom saber de qual material é feita, a marca, se é de fabricantes conhecidos no mercado e procurar na internet pessoas que já compraram, em fóruns de música sempre tem.
A ponte:
Você prefere uma guitarra com ponte fixa, como é o caso das Les Paul, ou com Floyd Rose, como é o caso da maioria das super stratos que são fabricadas pela Ibanez? É necessário saber o que está procurando, para ter certeza do que vai levar para casa. Assim como, é sembre bom saber o fabricante da ponte da sua guitarra e da mesma forma procurar saber a procedência do equipamento. Existem pessoas que sempre comentam que compraram uma guitarra e a ponte não é muito boa, então fica desafinando, não pega a regulagem corretamente, enfim.
Falando em regulagem:
É a primeira coisa que aconselharia a fazer quando comprar a guitarra. Elas vêm com uma pré-regulagem de fábrica, porém não é tão boa quanto parece. Procure um luthier de sua confiança ou caso não possua um, veja qual é o mais bem falado por sua região. Não é um serviço muito caro e você fica com a guitarra do jeito que você achar melhor: cordas mais altas, cordas mais baixas, captadores levantados, enfim. Caso queira mudar a afinação que vem na guitarra, também é necessário uma certa técnica para mexer no tensor do braço da guitarra. E é sempre bom substituir o encordoamento que vem de fábrica, já que você não sabe quanto tempo ele passou na guitarra e na maioria das vezes está oxidado ou o som não fica muito bom justamente por ser um encordoamento de má qualidade.
No final das contas, caso você pesquise e teste as guitarras você irá entender que não adianta especificar um valor, é necessário que você entenda que não vai conseguir levar uma guitarra de extrema qualidade pra casa por um preço razoável. Algumas peças não possuem tanta qualidade quanto uma de valor mais elevado e com bom acabamento.
Quem sabe daqui algum tempo você já estará igual um dos guitarristas da foto abaixo:

Melhores Guitarristas do Mundo